Как разрешить пользователям вводить SQL-запросы?

Конкретное решение зависит от СУБД. В общем вроде все полноценные СУБД позволяют настраивать права пользователя в довольно широком диапазоне, и в вашей наверняка можно разрешить INSERT и UPDATE (кстати на случай катастрофических апдэйтов всё-равно надо делать бэкапы), запретив DELETE (а заодно и операторы подмножества DDL не забудте запретить, а то кто-нибудь сможет грохнуть вам всю таблицу целиком или отдельный столбец, например).

Дальше зависит от подготовки пользователей - иногда действительно командная строка SQL - самая удобная оболочка для работы с данными, но в наши дни мало кто кроме программистов умеет ей пользоваться.

Сами напишите условие, чтобы только select проходил. Доп защита.

Если не принципиально, поставьте phpmyadmin. Пользователю выдайте логин пароль. Ограничения выставляете на указанного пользователя.

Быстрее всего будет передавать напрямую, урезав их права по максимуму - дать права только на чтение и только из нужных таблиц.