RewriteRule ^(.*)$ index.php?htaccess&l=$1 [L,QSA] Но сразу видно что все через один файл и это дурная привычка..RewriteRule ^(([^/]+/)*[^.]+)$ $1.php [L,QSA] если нужный файл действительно есть и находиться в этой папке или в папке, допустим, code? 
RewriteEngine on
RewriteCond %{REQUEST_URI} ^.*([^/.]+)$
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteRule ^([^/.]+)$ sys/$1.php [QSA,L]
RewriteCond %{REQUEST_URI} !^/index\.php
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d
RewriteRule .* index.php [L]
