Как настроить 3 сетевых интерфейса на windows без конфликта основного шлюза?

Почему обязательно должен быть прописан шлюз?
Там разве есть, что маршрутизировать?
Если есть, то тогда вам нужно будет поиграться с командой route и настроить что куда будет маршрутизироваться.
Если на двух интерфейсах только одна конкретная подсеть - шлюза достаточно только там, где инет.

Либо прописываете статические маршруты (убирая два основных шлюза, из трёх) либо играете с параметрами Метрика в шлюзе и метрика в интерфейсе (выставляя меньшую метрику у интерфейса смотрящего в интернет), однако, замечу, такая настройка сделает так, что трафик по-умолчанию будет идти только в один (основной) интерфейс, а в остальные будет только для их сетей (т.е. два других марша в таком сценарии не учавствуют в маршрутизации).

Вы бы обрисовали схему сети с указанием на ней вашего сервера. Тогда можно было бы более конкретно давать советы.

Default gateway на хосте всегда один. Нужно настроить на хосте маршрутизацию, т.е. задать правила для каких IP сетей через какой IP (внешнию шлюз) он будет слать пакеты. Пакеты от адресатов тоже должны доходить до хоста - либо через таблицы маршрутизации этих хостов, либо через промежуточные router'ы. IMHO на хосте и в windows и в linux маршрутизация настраивается через команду route. Не забыть что после перезагрузки хоста таблица маршрутизации должна загружаться в его память заново autorun скриптом в windows либо init скриптом в linux.