Мониторинг приложения в Zabbix 3.2?

Zabbix agent это умеет достаточно давно
Все указано в документации

zabbix_get -s ipadress -k proc_info[<процесс>,<атрибут>,<тип>]

Примеры:
proc_info[iexplore.exe,wkset,sum] - для получения общего количество физической памяти выделенной под все процессы Internet Explorer
proc_info[iexplore.exe,pf,avg] - для получения среднего количества ошибок на страницах для процессов Internet Explorer
Обратите внимание, что для корректной работы этого элемента данных на 64-битной системе потребуется 64-битный Zabbix агент.
Обратите внимание: Все атрибуты io_*,gdiobj и userobj доступны только в Windows 2000 и более поздних версиях Windows, не в Windows NT 4.0.

Как я могу получить информацию

• Если приложение работает с сетью и предоставляет сетевой сервис, вы можете проверять, что порт этого сервиса открыт.
  
• Если приложение работает "внутри", вы можете написать скрипт, который будет проверять, что приложение (например) есть в списке процессов или отвечает на локальный сокет и дергать его (например) через расширение snmp.
  

Помимо вышесказанного (про proc_info), также отмечу, что заббикс умеет снимать инфу через performance monitor винды. Если ваше приложение туда какую-то статистику отгружает, то можно этим пользоваться. Настроить такой мониторинг не вполне тривиально, но можно.

Если же у вас приложение самописное, то ничего не мешает сделать API, с помощью которого можно снимать статистику и отправлять в заббикс. Либо локально выполняемой командой, описанной в UserParameters агента, либо скриптом по крону и отправкой в заббикс с помощью утилиты zabbix_trapper.

Раз у вас самописное приложение, вы можете запросто используя zabbix_send отправлять на сервер заббикса инфу)
с самописными проблем быть не долнжно. Чтобы мониторить параметры процессов приложений, нужно понимать на какой платформе работают приложения, на чем написанные.