Как хранить схему метро?

а как искать маршрут до нужной станции?

Графы, Breadth-First Search

из пункта А в пункт Б . Берете А проверяете ее братьев (нет ли среди них Б). потом ближайшие станции на тот же предмет , потом братьев ближайших станций, потом ближайшие станции ближайших станций итд )))))))) задача творческая. Когда обнаружите Б - маршрут найден. Но надо будет еще посчитать сколько шагов между А и Б , выбрать оптимальный маршрут. Так же можно использовать признак одной ветки (кольцо - частый ее случай) и искать маршрут в первую очередь используя его. Тут много нюансов.

coderisimo: спасибо!)

не за что! может быть это пригодится - www.vogella.com/tutorials/JavaAlgorithmsDijkstra/a... или просто погуглите "graph shortest path "