Почему после установки linux второй системой,на винде перестает работать yota?

Скорее всего после смены системы нужно вытаскивать модем для сброса его режима работы.

Если не получится путем обеспечивания модема, то у меня для вас грустные новости - Linux при загрузке переписала firmware модема.
Связано это с тем, что разработчики модемов (и др. устройств) распространяют часть драйвера только в бинарном (откомпилированном) виде, то есть сделала она это из благих побуждений. Но не ту версию....

У меня такое было с USB-модемом DLink. Пришлось выкинуть.

Можно сделать hard reset модема для сброса прошивки. Правда по инструкции для этого надо подключить модем. Если работает в линуксе, то с него зайти на 10.0.0.1 или status.yota.ru. Точнее на status.yota.ru/advanced. У меня почему то срабатывал редирект, но div для сброса можно отобразить с помощью средств разработчика. Модем уйдет в перезагрузку, отсоединяем и снова подсоединяем, но уже под виндой.