Ответов несколько, и все они не понравятся.
1) Никак! В смысле нельзя без перезупуска любой программы дополнительно передать в нее параметры! И не вахно, ява или что-то другое.
2) Можно, но нужно например реализовать интерфейс JMX, повесить в своей java-программе jmx-бины и управлять своей программой налету.
3) Реализовать в своей java-программе простенький web-сервис и через него управлять программой не только с консоли, а из любой точки мира.
4) Написать свой протокол взаимодействия и сделать собственного клиента.
5) Технически можно подцепиться на сигнал SIGHUP и перечитывать когфиги, как это делает большинство демонов unix.
Средний
