Так какие же подводные камни есть в архитектуре Yii2?

В чем минус подхода yii2?

В любой точке вашего кода можно спокойно нагнуть весь ваш проект, учитывая, что $app - публичная статическая переменная. По сути это мало чем отличается от глобальной переменной, пусть и в отдельном неймспейсе.

Начитался критики в его сторону, в частности к его контейнеру

Вы можете поменять в рантайме все что угодно просто потому, что у вас есть доступ. Подобная свобода для крупных проектов - это дико опасная практика.