Как создают анимацию в html5 canvas?

Как делаю я. Обычно у меня есть функция основная функция называю ее handler. Она постоянно вызывается. А в ней уже вызываются другие функции. Ну вот мой пример https://jsfiddle.net/twobomb/b05nmjs5/
Разработка на канвасе у меня обычно начинается со следующего кода

var canvas, ctxW = 500, ctxH = 500,ctx;

	window.onload = function(){
		canvas = document.createElement("canvas");
		canvas.width = ctxW;
		canvas.height = ctxH;
		document.body.appendChild(canvas);
		ctx = canvas.getContext("2d");
		handler();
	}

	function handler () {
		 ctx.clearRect(0,0,ctxW,ctxH);
   //Тут вызов функций и прочие реализации

		 setTimeout(handler,1000/60);
	}

Как вариант для конкретных задач можно юзать специальные canvas библиотеки.
К примеру konvajs.github.io для обычных анимаций (лично советую, очень удобный ООП подход),
или wellcaffeinated.net/PhysicsJS для простых физических анимаций.
Для серезного моделирования можно юзать three.js

Но конечно будет плюсом если знаешь основы чистого canvas

Библиотек для создания анимации на Canvas много.

Есть библиотеки для создания двухмерных объектов и их анимации и наиболее популярная на сегодня - это Pixi.js. Можно еще привести пример Fabric.js ( но она те так популярна и известна, как Pixi ).

Для создания и анимации трехмерных моделей на Canvas стандарт де-факто - это конечно же Three.js. Но это большая и серьезная библиотека )