Какую выбрать конфигурацию RAID для домашнего NAS?

Для начала ответьте на вопрос - зачем вам в NAS RAID?
RAID != Backup
Соответственно всякие излишества с массивами нужны только если вам нужна отказоустойчивость в реальном времени.
Я бы на вашем месте создал
1) raid1 из 2x3TB
2) raid5 из 2x3TB+1x2TB (естественно доступно будет только 2+2, но можно же со временем заменить двухтерабайтник на еще одну трешку и расширить массив).
А оставшиеся диски (ну или один, если действовать по второму варианту) пустить на холодный бэкап наиболее важных данных.
JBOD - это просто отдельные диски, которые будут монтироваться в разные точки.
Итого:
- я бы советовал использовать програмный raid, потому что он более универсален и не будет зависеть от железа (которое тоже бывает смертно)
- про массив смотрите выше, в зависимости от того сколько места нужно прямо сейчас в том числе под бекап.

Проблемы с ребилдом raid5 я видел лично. И самая поганая вещь - никогда не можешь быть на 100% уверен, пострадали данные или на месте бедблоков была пустота. Только сверяться с бекапом.

Софтовый рейд вас не ограничивает глупостями вроде 1 диск может быть только в одном массиве. Можно разделы одного диска объединять в разные массивы.
Пилить диски можно как угодно. Например, распилить 3тб диски каждый на два раздела: по 1 и по 2тб каждый. Собрать в итоге два raid5: 3 тома по 1тб и три по 2тб. Итого 6тб форматированной ёмкости, допустимо выпадение любого диска массива. При необходимости в едином куске места - поверх этого развернуть LVM.
Наращивать можно дисками любого размера, условие одно: добавляемый том не меньше используемого размера тома в действующем массиве.

Про raid5 в домашних NAS - у меня два диска разом за 8 лет не умирало. Дефолтно в debian включен кроновый скрипт верификации всех софтовых рейдов раз в месяц. Пару дисков проблемных он и обнаружил заблаговременно.
Но вот два диска разом выпасть из массива - это было. Кабель питания отошёл. Собрать обратно массив удалось, а вот ФС побилась. Но у меня был бекап, потеряны только неважные данные.

Если нет никакой возможности использовать географически-удалённое место для бекапа, то для бекапа можно выделить области на этих дисках. Только не в составе чего-то сложного (lvm, raid) и не на том же диске, где лежит основная копия! Можно использовать raid1 при необходимости продолжать работу при отказе диска - зеркало хоть восстанавливать просто и достаточно одного любого диска.
Например, порезать 3тб диски на два раздела: 2тб и 1 тб. Затем собрать raid5 на трёх 2тб томах - под всякое не очень нужное. Три раздела по 1 тб - под важные данные. Можно собрать raid1 из двух дисков. Но не как зеркало из всех 3 дисков! Это только от физической поломки поможет, а от проблемы с ФС - уже нет. Один раздел не должен быть примонтирован постоянно, монтируется только на время бекапа основной части. rsync в кроне как самый простой вариант. Лучше бы, как уже советовали, 3 независимых тома: актуальная копия, горячий регулярный бекап, последний диск под холодный бекап, его физически отключать (можно сколхозить автоматический девайс для размыкания цепей на твердотельных реле).