Где под защитой можно хранить пароли?

Лучший вариант, менеджеры паролей с открытыми исходниками
Windows: KeePass Password Safe (+ все мобильные платформы)
Unix, OS X: KeePassX (+ все мобильные платформы)
Теория
Практика
Дополнительные возможности
Тонкая настройка для повышенной безопасности

Использование криптоконтейнеров, генераций паролей по своему алгоритму для каждого сайта не надёжно и не удобно.

keepassx

можно даже в открытом виде хранить, главное - раздельно логин от пароля.
Самое простое: можно делать так:
Делаете 2 списка со случайными уникальными цифровыми ID-шниками для логинов и для паролей.
Затем, делаете таблицу связок с помощью конкатенации ID-шника логина и пароля: это будет PIN.
PIN + линк ресурса - сохраняете на компе в текстовик.
А таблицу логинов и паролей - распечатываете на бумаге: они не должны стоять соответственно друг напротив друга - это 2 абсолютно независимые таблицы, находящиеся просто рядом!
Чтобы узнать корректный аккаунт - нужны сразу 2 части данных: с ПК и с листка.
Каждая часть в отдельности - абсолютно бесполезна.

Зашифровать текстовик одним паролем, который вызубрить наизусть. Или например, создать маленький дисочек BestCrypt'a, в котором хранить пароли. А пароль от дисочка помнить.

Keepass + Dropbox