Ankhena W достаточно подробно все описала, но кое-что следует уточнить.
1. Проценты и em это всё-таки разные единицы измерения. Для каких-то свойств они ведут себя одинаково (в частности font-size), для каких-то - по-разному. Например, при задании line-height процент высчитывается от размера шрифта текущего элемента, а em от размера шрифта родителя.
2. То же самое. Зависит от свойства, к которому применяется.
3. Можно использовать (и используют), но не всегда это нужно. Допустим, элемент small должен быть всегда меньше на 25% где бы он не находился. Чем писать правила на все случаи его появления в верстке, проще написать одно правило - font-size: 0.75em;
4. Неточность у автора. body наследует не настройки браузера, а свойства рутового элемента html, который как раз и задается настройками браузера (по умолчанию).
5. Отступы в em удобно задавать при описании типографики, но не блоков. Например, для заголовков, параграфов и т.п. Вообще, если описывать всю типографику относительными единицами, ее легко, буквально в пару правил, адаптировать под разные экраны.
И по всему остальному:
истины нет. Неожиданно, да? Тем не менее это похоже на правду. Всё зависит от конкретных обстоятельств. Где-то удобнее использовать одно, где-то другое. И прекрасно, что CSS дает нам такую возможность.
Средний
Простой