Не совсем понял в чем проблема. Открыл svg, посмотрел, подвигал закрыл с сохранение, открыл снова — всё также и никаких проблем. Что-то у вас с софтом или, простите, руками))
Как вариант, можно проверить в Аи настройки привязки объектов к сетке, настройки экспорта, а также попробовать разные варианты эскпорта/сохранения svg. Опишите пошагово действия по экспорту svg, открытию в Аи и пересохранении svg после (куда нажимаете, через какие пункты меню, плагины, скрипты и т.п.). Может где-то в процессе ошибка, попробую повторить.
PS От себя скажу что перерисовывать иконки в Фш (как это сделали вы, я посмотрел оба psd-файла) это извращение. В Иллюстраторе это сделать гораздо проще и быстрее. Приучите себя работать с иконками сразу в векторном редакторе.
