Как работает dns система?

а что значит вершина? . (Root represented by empty String " ")

Корневой сервер, который знает о серверах отвечающих за зоны .com .org .ru , но он не знает о серверах отвечающих за ".test.ru", об этом уже знает сервер в зоне ".ru"

Александр: Domain destroy.grouping-s.contest.qctf.ru is forbidden by the service administration
Может у вас есть идеи как это обойти?

у вас слишком много точек. Точка овечает за смену уровня домена - передачу обслуживания в другую группу серверов - назначенных для данной зоны. Скорее всего у вас точки которые не соотвествуют числу реальных уровней.