Как поменять корневую директорию сервлетов?

в папке conf томката есть файл server.xml, в котором можно обнаружить следующие строки

<Host name="localhost"  appBase="webapps"
            unpackWARs="true" autoDeploy="true">
...
</Host>

собственно, они и ответственны за настройку, которая Вам нужна. Вы можете поправить текущую настройку, можете добавить свою. Так же можно добавить настройку для конкретного контекста. Например, Ваше приложение доступно по ссылке localhost/myApp, тогда вы можете в server.xml добавить такую настройку внутри тега Host:

<Host name="localhost"  appBase="webapps"
            unpackWARs="true" autoDeploy="true">
           <Context path="/myApp" docBase="/home/user/awesome_app"></Context>
</Host>

При этом в директории /home/user/awesome_app должно быть распакованное приложение.

Прежде чем копировать настройки, что я описал в свой server.xml, советую ознакомиться с документацией на сайте томката, благо она не очень объемная и вполне доступным языком описана.