О чем говорят эти параметры top?

Посмотрите atop, его вывод подробнее.

Убейте громоздкий apache. Сам сидел на нем до тех пор пока друг не испытал LOIC в локалке… NGINX и все будет хорошо, к тому-же модулей сейчас полно.

Возможно у них проблемы с дисками и от этого, страдает Ваш сервак, ибо load average как бы намекает на это (диски как одна из большинства причин высоких показателей). Но все равно, нужно больше статистики, что бы точно определить узкое место

А как смарт информацию о диске вытянуть на виртуальном сервере? Напрямую не даёт, не понимает тип диска.

Сложно судить с топа.
Если хотите посмотреть чем конкретно заняты данные процессы апача, используйте mod_statys (http://httpd.apache.org/docs/2.2/mod/mod_status.html), ориентируйтесь по pid'ам
Вполне вероятно что серьезную нагрузку на диски дают соседние ноды на вдсмастере… Больше информации о дисковой нагрузке можете получить с помощью iostat / gstat

обычный оверселлинг, тыщи их

1 — Каждый процесс апача потребляет 4Гб виртуальной памяти — это очень плохо, а потребляет её скорее всего какой-нибудь opCacher типа xcache или apc или что-то подобное, не поленитесь изменить настройки на более разумные.
2 — Высокий показатель system usage говорит о том, что львиную часть CPU цыклов тратит ядро (в Вашем слючае это 88.4%), следовательно это может быть любая логика работающая в ядре будь то драйвер/пакетный фильтр/дисковая подсистема/сетевая подсистема/etc.

Если используется виртуализация на сонове OpenVZ, то подобный эффект, вполне, может наблюдаться из-за голодания хоста по необходимым ресурсам, т.к. если не ошибаюсь, в контейнерах OpenVZ подсчет утилизации CPU происходит по временным меткам и занимается им ядро самого контейнера, следовательно голодание хоста по CPU вызовет илюзию того, что контейнер потребляет много CPU.

P.S. Высокий LA говорит о том, что у планировщика ресурсов ОС очень большая очередь, следите за тем чтобы минутный показатель LA был не более кол-ва ядер доступных ОС (справедливо только когда ОС работает на железе, без гипервизора)