Обычно делают файл с примером настроек, который хранится в Git, после клонирования он копируется и переименовывается в нужное имя для конфигурации, этот файл игнорируется.
Таким образом, на каждой площадке свой конфиг и не нужно плясать со слиянием и уж тем более не нужно создавать отдельную ветку только ради этого.
Пример:
/app/config.sample.php -> /app/config.php
.gitignore:
/app/config.php
Пример из реального проекта: Laravel и его .env.example, который копируется и переименовывается в .env, который игнорируется.
