Когда используют низкоуровневый ADO.net, а когда Entity Framework?

EF (особенно с CodeFirst) позволяет разрабатывать БД и логику работы с ней быстрее и на C# (практически не залезая в SQL). Кроме того, благодаря миграциям обеспечивается консистентное состояние структуры БД (Петя и Вася не смогут поменять что-то в базе, не получив конфликта в системе контроля версий при мердже). Из минусов - ограничения, которые EF накладывает на ваши возможности (ADO в этом плане более низкоуровневое => более мощное средство), а также неоптимальность и нечитабельность SQL-кода, который EF генерирует в ответ на ваш красивый и понятный код с использованием LINQ (достаточно залезть в то, что генерит EF на любой среднестатистический нетривиальный запрос с несколькими связанными сущностями - и ужаснуться).

Соглашусь и с OnYourLips и с @nApoBo3
OnYourLips отметил, что ADO более гибкая, в том плане, что можно написать запрос любой сложности и при этом ни чего кроме базы затрагиваться не будет.
nApoBo3 же отметил тот факт, что это выбор частично зависит от "построения процесса разработки"
Резюмируя, могу дополнить только одно - можно работать и с тем и с другим, но можно всю логику перенести из кода в базы, если быть точнее в функции и процедуры. Их удобно вызывать как из ADO, так и из EF, но в добавок еще и иметь объектное представление базы (entities)

в зависимости от задач... EF конечно более мощный, гибкий, но и тяжеловесный... на хабре выкладывали тесты его не высокой производительности. Я все новые проекты на dapper делаю, и скорость айс и все просто.