Где правильно регистрировать зависимости (DI) в Yii2?

Начиная с Yii 2.0.11 зависимости (Dependency Injection) можно регистрировать в конфигурации приложения с помощью container, но в данный момент последняя версия 2.0.10 и поэтому возникает вопрос где именно регистрируются зависимости в текущих версиях?

Yii::$container->set(...);

Второй вопрос: а где правильнее?

Мне знакомый подсказал про bootstrap, но я не хочу добавлять что-то в bootstrap, если оно гарантированно не должно использоваться. На в документации и на форуме Yii2 я не нашел внятного ответа.