Ну вообще вопрос довольно комплексный.
Если вопрос именно о запуске приложения в процессе разработки, в локальной среде, то хорошим вариантом будет
Docker, либо
Vagrant. Тогда php будет выполняться в родной для себя среде, и также будет один распространяемый на всю команду конфиг, чтобы среда выполнения была консистентна.
Т.е пишешь код в IDE, и проверяешь изменения на локально работающем сервере.
Внутри Docker/Vagrant также удобно и локальную базу данных для разработки иметь
Все изменения структуры бд лучше вести через миграции, т.е без прямых дампов
Ну и разумеется вести разработку через CVS (git, например), для начала даже git-a по ssh хватит для обновления кодовой базы приложений на рабочих серверах (даже на виртуальных хостингах он часто есть)
Ну а по мере роста сложности проекта появляются всякие навороченные деплои, покрытие тестами, тестовые сервера, прекоммит-хуки и тд и тп, но, полагаю, к тому моменту, как они реально потребуются, про них ты уже будешь знать,
Простой
