Как ИП платить налог только с чистой прибыли сайта?

Это т.н. агентское вознаграждение.
Налоги с него платятся специфически. Более того - там даже специальные счета в банке нужно заводить.
Но в целом - ничего страшного.

тут основная проблема не в налоге на прибыль, а в том, что необходимо быть налоговым агентом по договорам с физлицами, что в данном виде бизнеса видится мне мало реальным. Отсюда есть только два выхода:
1) договариваться с платежной системой об организации p2p транзакций ум пользователями, а свою комиссию забирать отдельными платежами на свой счет, но в России, на сколько мне известно, таких сервисов платежные агенты не оказывают или называют это индивидуальными решениями для больших компаний
2) подключиться к международному сервису, который обеспечивает посредничество в оформлении отношений с физлицами (например solar-staff.com)

Легко. Выбираете основную подоходную форму налогообложения и списываете все выплаты на расходы. Напомню, что исполнители должны быть наняты предпринимателем или иметь собственную регистрацию ИП, иначе вы не сможете на них списывать расходы.

на упрощенке доходы минут расходы платишь 15% собственно не понятно откуда у вас вообще вопрос поднимается такой

Самый очевидный "топорный" вариант — 15% "доходы-расходы". Проблемы: правильно декларировать все расходы, корректно вести выплаты и всё, что писали в комментариях выше.
Не очевидный:
1) подумайте, как вам переправить деньги напрямую исполнителю, и при этом к себе на счет заводить только комиссию; например, можно войти "в дружбу" с некоммерческой кредитной организацией, перечислять деньги на неё и с нее вести расчеты (это пример направления, детали уж разберите самостоятельно);
2) с другой стороны, вы выступаете в этих отношениях как агент, и с обоими сторонами заключаете агентские соглашения. В самом агентском соглашении уже говорится о том, что деньги, пришедшие к вам на счет, не ваши, а вы имеете лишь часть с этой суммы. Покопайте и в этом направлении.

P.s. Пока исполнитель не выполнил работы, деньги заказчика фактически хранятся под вашим контролем — эти деньги как минимум можно реинвестировать (хотя бы в простой депозит на 6-8% годовых).