Плохо ли влияют ссылки не той тематики?

Если анкорная ссылка, с соответствующим текстом, то позитивно. Если просто ссылка от разработчика - то нет никакого нигатива.

Ничего плохого в этом нет. Но, на всякий случай, можете показать наглядный пример, чтобы понимать о чём конкретно речь идёт?

Нет ничего страшного если вы НЕ используете анкорные ссылки, вроде "разработка сайтов Москва".
В случае если вы используете анкорные ссылки такого вида, есть все шансы попасть под "пингвин".
Если в качестве ссылки вы используете бренднейм, или доменное имя, тогда нет ничего страшного. Как вариант, для улучшения качества ссылок, проработайте "околоанкорые" текста, чтобы ссылки были вроде :
Разработка сайтов в Москве "БестДезигнГрупп". Есть варианты на некоторых сайтах ставить эти ссылки в Nofollow, для того чтобы небыло перекоса между nofollow и dofollow ссылками.