Отображение постов с определенной таксономией в Wordpress?

я бы создал главную родительскую категорию новой таксономии. Остальные категории были бы дочерние этой категории.
-По урлу site.com/taxonomy я бы через add_rewrite_rule() сделал вывод главной категории(якобы такую подмену).
-Минус такого подхода что по двум урлам site.com/taxonomy и site.com/taxonomy/mainCat выводится один и тот же контент. Плюс есть момент, что в хлебных крошках(если использовать плагин) будут отображаться на то и на другое ссылки.

!Другой подход через add_rewrite_rule() site.com/taxonomy сделать подмену на определенную страницу. В шаблоне этой страницы сделать вывод всех постов через wp_query.

WordPress не создает такой страницы по умолчанию, я уже не помню предысторию (лень копаться в старых тикетах на Trac), но суть в том, что такой фичи нету. Так что 404 - вполне ожидаемый результат, так и должно быть.

Иван Козлов в принципе в нужном направлении отправляет. Я бы делал rewrite_rule и отправлял на кастомный обработчик, который бы в свою очередь корректно устанавливал необходимые параметры глобального $wp_query, выдавал страницу как архив и модифицировал бы сразу основной запрос, вместо new WP_Query в шаблоне. Таким образом у вас и пагинация будет работать, и все остальные плюшки.