В какой части laravel приложения следует писать запросы?

Используйте сервисы. В сервисах вы будуте писать бизнес-логику. То есть там будут ваши и расчёты и запросы.
В контроллере мелкие запросы не более чем на 5-6 операторов (where, order, select etc). Иначе его уже в сервис надо выносить. В моделях запросы только на их состояние или перевод велечин. Например - Юзер имеет роль admin . И у него есть метод isAdmin() который проверяет имется эта роль у него или нет.

То есть если в архитектуру MVC добавить S(Service) - то тут немного понятнее станет.
Для понимания - сервис - это класс (Зачастую singelton) который отвечает за обработку определённых данных и получения результата вычисления дли использования в дальнейшем. Следует разделять сервисы по своим смысловым нагрузкам. SOLID принципы тоже почитатйте.