Привет!
Если я правильно понял вопрос, то сложность в организации самого меню, так?
Как организовать объекты в сложных системах тема интересная. Вариантов несколько, вот парочка:
1. В большенстве случаев поможет карточная сортировка (
card sort) - дать людям, что шарят в области, карточки с примерными объектами, они их расставят по группам, это и будут пункты меню.
2. Можно руководствоваться реальным миром и как в нём живёт эта самая сложная система. Я, например, в сервисе IP-телефонии разделил все спорные объекты по физическому параметру: могу ли я их потрогать или нет. Например телефон и человека могу, это один блок, а телефонный номер или услугу - не могу, их в другой. Хорошо, когда абстрактные объекты в одном мешке, реальные объекты в другом.
Или всё таки про графическую часть был вопрос?:)
Если да, то вот тут можно глянуть:
uiparade.comzurb.comsmileycat.comui-patterns.comui-cloud.com 
