Как выяснилось проблема вот в этом баге
https://bz.apache.org/bugzilla/show_bug.cgi?id=40102
В некоторых случаях он ломает SCRIPT_NAME который используется php-fpm для выбор файла. Как видим ему уже 11 лет и никто не торопится его исправлять. Да в 2.4 тоже этот баг есть.
Как фиксится? Элементарно если в .htaccess есть
RewriteRule ^apps(.*)$ /apps.php/$1 [L]
то меняем его на
RewriteRule ^apps(.*)$ /apps.php [L]
И все начинает работать как ни в чем не бывало. Данные URL если что берутся из REQUEST_URI куда они предаются корректно.
PS Зачем я это публикую? Для статьи на хабре этот вопрос слишком мал. А для тостера в самый раз.
