Ответ на ваш вопрос примерно такой: вместе с командой include добавляйте команду monitor.
Правильный ответ такой: не надо вообще так делать ни в коем случае. Никогда не надо мониторить много файлов. Прокси не перечитывает отдельные файлы, он перечитывает конфигурацию целиком. Если вы записываете несколько файлов и их мониторите, всегда есть шанс что прокси считает неполную конфигурацию, т.к. какой-то другой файл будет записан только наполовину. Поэтому при сложной конфигурации мониторить надо отдельный, специально созданный для этого файл, например 3proxy.cfg.version. При обновлении конфигурации - обновлять все файлы, после этого менять 3proxy.cfg.version.
Сложный
