Java libgdx или C# Unity3D?

Java и шарп действительно сильно похожи синтаксисом но внутренние отличия довольно большие. В общем перескочить можно с малой кровью.
Сравнивать libgdx и юнити очень некорректно.
Юнити это готовый и законченный движек с готовыми утилитами под него.
LibGDX это только фреймворк над базовыми вещами. Т.е. рендер\систему ресурсов\сеть\базовые классы игры, все придется писать самому. Утилиты,равно как и форматы хранения контента придется тоже писать самому. Редактор карт тоже придется писать самому. Другой вариант что многие описанные вещи можно найти уже написанные кем то и слепить все воедино.

Юнити хоть и мощный двиг но придется мириться с тем что он предоставляет и ни шагу в сторону как бы неудобно и нелогично это выглядело.
LibGDX дает тебе возможность написать именно нужные тебе для конкретной игры двиг с необходимым и удобным тебе тулсетом.

К примеру если игра изначально задумывается в виде платформера то намного удобнее написать все свое конкретно для данной игры на LibGDX, скорее всего это будет даже быстрее чем на юнити.
Если игра будет чем то вроде КС то такую игру намного проще и быстрее делать на Юнити но позже будет сложнее дорабатывать ради уникальных фишек и количество костылей будет расти пропорционально числу уникальных фич.

Всё зависит от цели, задачи и пути исполнения. Для обучения программированию, выстраиванию архитектуры и основам gamedev libgdx отлично подходит, но он по сути только для 2D игр(и он ну очень хорош в этом) + мало инструментов разработки( editor, animator и т.д).
C# и Java конечно похожи, но не настолько что б сразу "перескочить". Но и C# в Unity это не совсем C#. Короче, если идет только обучение или желание создать небольшую 2D игру на мобилку, то libgdx. Если есть немного знаний + 3D или мало мальская серьезная 2D, то Unity. А если ПК + 3D или Пк + Мега 2D, то Unreal Engine 4.