Насколько надёжно использовать GParted (или другие linux-программы) для работы над ntfs разделами?

Просто надо всегда помнить что при людей работе с дисками вы можете потерять все данные
Поэтому у нас всех есть бекапы

Я тоже не сталкивался с повреждением данных при работе с GParted. При этом лет пятнадцать назад терял данные при работе с аналогичной программой от Acronis.
По моим ощущениям, GParted работает медленней (в операциях по перемещению данных), вероятно в него заложены "перестраховки" для уменьшения вероятности повреждения данных при аварийных завершениях работы или пропадания питания.

До тех пор, пока не отключили "свет"(а у Вас есть UPS?) - вполне безопасно.
НО!
Как сказал Пума Тайланд: "Поэтому у нас всех есть бекапы"
Не жалейте dav.box.com, webdav.yandex.ru и прочие облачные сервисы предоставляющие WEBDAV доступ. СОХРАНЯЙТЕСЬ!