Что нужно убрать за собой после ухода с работы?

Простите, а какая связь между вашим рабочим ПК и конкретно Git?
Если на компе папка, удалите её нахрен, но толку-то, если есть удаленные репозитории.
Но в идеале, просто переустановить систему в последний рабочий день.
Хотя в большинстве случаев, систему переустановят после вашего ухода.

Переставляйте систему. Никому не хочется садиться за комп на котором левые папки, файлы и софт.

удаляйте всё!

rm -rf

был случай, когда в момент ухода сотрудник вернул ос пк к заводским, отцепил клавиатуру и мышку. Достал сетевую карту + видеокарту из пк. Так сказать убрал за собой все)))

sudo dd if=/dev/null of=/dev/sda

gparted.org/livecd.php - этой тулзе все равно, что на компе.
записать болванку и после отформатировать все под FAT32.