Итак, напишу пока то, что удалось сделать.
1. В конфигурационном файле указываем базу данных, которую мы будем использовать при разработке ну и она же будет содержать итоговую структуру.
2. После того как становится известна нужная нам база данных, производим подключение следующем образом:
<?
//получаем и закрываем соединение
$connection = $this->get('doctrine.dbal.default_connection');
$connection->close();
//Дальше варварство
$ReflectionObject = new \ReflectionObject($connection);
$Params = $refConn->getProperty('_params');
$Params->setAccessible(true);
$p = $refParams->getValue($connection);
$p['dbname'] = ;
$p['user'] = ;
$p['password'] = ;
$Params->setValue($connection, $p);
$Params->setAccessible(false);
?>
