Найти где ограничение по времени можно так:
1. выводите php_info() в web, либо php5-fpm -i в консоль.
2. Находите все ограничения на 90 секунд в опциях - там очень много ограничений может быть (например session life_time, внезапно но может к такому привести если он маленький)
3. Пробуете менять по одному и методом проб и ошибок находите в чем дело.
Скорее всего дело не в 90 секунд в php. Вам нужно посмотреть лог ошибок nginx/apache/php и увидеть явную ошибку которая произошла. Это может быть что угодно, но судя по тому что "500 - internal server error" я чую, что у апача какие то лимиты/ошибки.
Простой