Клиент обвиняет в заражении сайтов. Что делать?

Из принципа хочу доказать свою непричастность.

Бесполезно. Не докажешь, только потеряешь время/деньги и нервы.

Что делать?

Понять и простить. (С)
Забить и больше НИКОГДА не делать на хостингах клиентов ДО полной оплаты.
Считай что купил ума.

АПД. А вообще, если есть договор, то нужно его читать. Если там есть обязанность клиента заплатить за работу и нет ничего про и вирусы и тп - можно и побадаться.
А нет договора - увы.

не хочет платить остаток денег за выполненные работы

Либо в суд с договором, либо простить, если сумма мелкая и возиться нет желания.

Мне после ваших работ пришлось весь аккаунт пришлось чистить от вирусов

Это к делу не относится. И ни каким образом не может влиять на взаиморасчеты.
Если он так считает - пусть идет в полицию с заявлением. Это его проблемы.

Вам ни в коем случае не нужно пытаться доказать свою непричастность и вообще предпринимать какие-то действия в этом направлении.
У вас есть договор на создание сайта. Вот по нему и работайте. В частности требуйте оплаты.

1) Попробуйте запросить у него конкретные аргументы почему он считает, что это Вы его заразили.
Спросите как именно Вы его заразили. Какие именно вирусы.
А то получается логика. Я помыл машину - пошел дождь... магия...

2) Укажите на то, что используемые им решения не безопасны (так как они...) и являются потенциальными дырами, попросите объяснить почему он уверен, что не они являются источником заражения.

3) Короче говоря дайте свою экспертную оценку. Если он не разбирается, то пусть не выдвигает претензий в том, в чем не разбирается или пусть попытается разобраться и ответить на все Ваши вопросы.

обвините его. например, скажите, что у вас от него будет ребенок.

С клиентом лучше попрощаться. Берегите нервы и не подставляйтесь.

Нахрен пошлите такого клиента. Я ни за какую плату с такими клиентами работать не стал бы.

Доказывать вам ничего не нужно. По уголовному праву вина обвиняемого должна быть доказана, а не наоборот. Можете написать, что общение со стороны клиента вышло за границы приемлемой деловой этики, в связи с чем дальнейшее сотрудничество немедленно прекращается. Добавьте, что при появлении с его стороны угроз или каких-либо двусмысленных намеков оставляете за собой право обратиться в правоохранительные органы его страны (заявление в местную полицию можно оставить через сайт).

Если у вас есть подписанный договор, то можно обратиться к юридическим конторам (есть в каждой стране). Они за процент от долга напишут ровно одно письмо клиенту, и в течении пары дней вам придет перевод долга. Пугать этим не стоит, но напишите, что ожидаете полной оплаты задолженности в срок, указанный в котракте.

На будущее, всегда пишите в контракт, что выполненная работа остается вашей собственностью до полной уплаты всей суммы, включая все пени. Пени по контракту всегда должны быть и должны расти очень быстро, чтобы даже идея не возникала не оплатить работу. Упомяните в контракте, что выбивание долгов может быть передано коллекторам, и в этом случае клиент обязуется оплатить все возникающие издержки.

Нормальному клиенту это все равно, если он планирует платить, а ненормальный испугается и сбежит. Для вас будет полезный фильтр.

Поддерживаю ораторов выше -- бодаться и доказывать бесполезно. Клиент собрался кинуть на деньги, его тут ничего не остановит.

В зависимости от дальнейшей наглости клиента, я бы обеспечил себе возможность доступа к его сайтам, независимо от смены паролей клиентом. И когда всё уляжется, через месяц-другой-третий по-тихому уронил бы несколько сайтов клиенту. Сначала немножко, а потом и по-серьёзному, с записью мусора во все файлы на хостинге. Делать это желательно вечером, чтобы время даунтайма было максимальным. Если есть возможность сломать бэкапы -- можно сначала сломать бэкапы, дождаться, когда история хранения бэкапов прокиснет, и вперёд...

В принципе, заявлений про "90-е" -- уже вполне достаточно, чтобы лично моя совесть отвернулась в сторонку на время совершения описанных выше мероприятий.