Сколько места для файлов в RAID 1 массиве (два диска по 1 Tb)?

/dev/md0 /usr/storage ext4 rw,relatime,data=ordered 0 0

на 2 TB диску тоже ext4

Файлы копировались через проводник LinuxMint. Точно не скажу учитывает ли он симлинки.

Подозреваю, что вся проблема в линках. Но это нужно искать и смотреть.
rsync разбирает что такое симлинки, LinuxMint ну по идее должен иметь опцию, надо проверить.
А если есть хардлинки, то это посложнее.. не каждая программа способна это разобрать.

Filesystem Size Used Avail Use% Mounted on
udev 1.6G 4.0K 1.6G 1% /dev
tmpfs 328M 684K 327M 1% /run
/dev/dm-0 72G 3.0G 65G 5% /
none 4.0K 0 4.0K 0% /sys/fs/cgroup
none 5.0M 0 5.0M 0% /run/lock
none 1.6G 0 1.6G 0% /run/shm
none 100M 0 100M 0% /run/user
/dev/md0 917G 868G 2.9G 100% /usr/storage
/dev/sda1 236M 38M 186M 17% /boot

Всё тут ок. А сколько вам насчитает:
du -sh /usr/storage

Дмитрий Шицков: жду пока пересчитает.

..и также хорошо посмотреть df -i

Дмитрий Шицков: du -sh /usr/storage
868G /usr/storage

beza2000:
df -i
Filesystem Inodes IUsed IFree IUse% Mounted on
udev 210470 482 209988 1% /dev
tmpfs 215971 455 215516 1% /run
/dev/dm-0 4759552 83119 4676433 2% /
none 215971 2 215969 1% /sys/fs/cgroup
none 215971 5 215966 1% /run/lock
none 215971 1 215970 1% /run/shm
none 215971 2 215969 1% /run/user
/dev/md0 61046784 7637089 53409695 13% /usr/storage
/dev/sda1 62248 298 61950 1% /boot

kovalr: ну, снова правильный результат, не видно 3 Тб.
Можно попробовать:
du -shlL /usr/storage

Если там всплывут 3Тб, значит действительно - много ссылок. В таком случае, файлы следует копировать на новый диск с использованием команды cp -rd, чтобы все ссылки остались неизменными

Если хочется проверить на symbolic link, то на исходной системе запустите
find Путь_Что_Проверяем -type l
и смотрим как много..

beza2000: sudo find ./storage/ -type l | wc -l
65469
Дмитрий Шицков: если копировать без ключа -d то программа ссылки копирует файлом, а не ссылкой?

kovalr: наоборот, ссылки будут сохранены и не раздуют диск до 3Тб

Я хочу добавить в зеркало еще два диска и перейти на RAID 5. Но сначала было бы неплохо забекапить файлы.

dd if=/dev/md0 хорошая идея. Только файлы переливаю через SAMBA SHARE. Возможности физически подключить диск нету. То есть можно но немножко муторно.

Всё же интересно почему файлы напрямую не копируются.

Вероятно реверсинжиниринг виндового протокола много чего не умеет для никсовых файловых систем. Да и медленный этот smb сам по себе.

Можно раздел копировать и по сети:
ssh raidhost dd if=/dev/md0 | dd of=/dev/localdiskpart
Только есть риск упереться в cpu вместо сети. Тогда почитать про netcat или ещё чего-нибудь без шифрования. Зато команда элементарная
Про rsync уже упоминали в ответах.