Почему после импорта товаров после плагина all imports, галерея открывается не в light box, а прямой ссылкой на картинку?

Потому что после обновления Woocommerce до версии 3.0.0+ вы должны включить поддержку галерей в вашей теме. Для этого добавьте следующий код в файл function.php

add_action( 'after_setup_theme', 'yourtheme_setup' );
function yourtheme_setup() {
	add_theme_support( 'wc-product-gallery-zoom' );
	add_theme_support( 'wc-product-gallery-lightbox' );
	add_theme_support( 'wc-product-gallery-slider' );
}