Кроме приложений Microsoft можно использовать VMware ThinApp. Впрочем надо сказать, что она изначально больше заточена для создания портативных версий других программ и работы внутри виртуальных машин, что наложило свой сильный отпечаток. Основную ценность представляет возможность автоматического обновления собранного пакета совместно с VMware Horizon: при сборке пакета указываешь путь к хранилищу и дальше оно схватит новую от туда.
Дополнительно решается часть проблем с безопасностью, потому что по сути ThinApp типичный Sandbox при определённых настройках. Самое главное, что не обязательно давать приложению права администратора с ним, так как приложение хотя и может писать в системные папки, они виртуальны, изолированы от реальной системы, со многими старыми приложениями очень выручает. Минусы: требует лицензирования, дорого стоит и рассчитано на комплексное использование.
Найти бесплатные решения кроме WSUS проблематично. Если вам действительна ценна унификация на предприятии, автообновление, и чтобы все приложения работали одинаково и не могли вмешаться в работу системы, то есть исключалось заражение через браузер благодаря защите песочницы, то может быть подойдёт. Создавать пакет программы не сложно, устанавливаешь как обычно, жмёшь готово и появится один EXE файл, с которым можно работать.
