Как вытащить одинаковые подпапки из множества папок с разными названиями?

в одну папку С

с объединением всех структур?

123459: конечно

Kulver_stukas: поищите в корневой папке диска по имени начальной папки нужной вам структуры - например "USER", затем переместите(или скопируйте) все найденные папки в одну.

пример:
в ПАПКА1 лежит структура \C\USER\FILES\...
в ПАПКА3 лежит структура \C\USER\DOWNLOADS\...
вы хотите объеденить структуры начиная с папки "USER"

зайдите в корневую папку, в которой лежат ПАПКА1 и ПАПКА3
выполните поиск слова USER
вырежите и вставьте нужные вам папки USER в корневую папку (или создайте ещё подпапку), все вложенные в USER папки тоже будут перемещены.

для безопасности (или если данных не много) советую сначала попробовать скопировать (например на другой диск) а не вырезать - если что то пойдёт не так, то вы не попортите исходные данные и сможете попробовать объединять начиная с другой стартовой папки.

ещё можете в total commander пометить все нужные стартовые папки - тоже можно воспользоваться встроенным поиском, а с ненужных папок снять выделение и потом запустить перемещение в одну (а лучше копирование)

перепроверьте, что в структуре имя начальной подпапки не встречается дважды:
например если будет: ПАПКА1 -> C\USER\FILES\ ... \ ... \ опять "USER" \ ...
и вы хотите начать объединение всех структур начинающихся с папки USER, то при объединении вы объедините лишнюю папку.

123459: Хм. Похоже это должно сработать.