Про запуск почитать тут -
https://dzone.com/articles/understanding-execfile-...
Хранение - просто записывать в файл полученную команду до передачи на выполнение. Или в файл, или в базу данных, как вам больше нравится. Команду с параметрами передавать, например, через форму, посылающую POST запрос на сервер, там анализировать полученную информацию, собирать параметры для выполнения в нужном виде и, собственно, выполнять. Не совсем понятна, честно говоря, степень детализации ответа, который вам требуется, вам нужен алгоритм или уже готовый код?
