Yandex Webmaster новый сайт?

http:// вообще не собираюсь использовать.

https://www.site.org - я так зарегал, правильно ли сделал или нет?

Правильно.

Просто мне вылетело там предупреждение о "склейке зеркал"

Посмотрите справку яндекса Зеркала сайтов. Обязательно укажите главное зеркало.

Если домен с https то 1 вариант

Просто мне вылетело там предупреждение о "склейке зеркал"

Значит срочно, надо купить, разбить и склеить.

А если серьезно, регистрируйте, основной вариант, который будете использовать, второй укажите, как зеркало.

Если сайт настроен на https, т.е. установлен сертификат и заданы перенаправления, то в robots.txt указываете директиву Host: https://имясайта.ru и при добавлении в Вебмастер сразу добавляйте с https. Иначе потеряете время потом, пока Яндекс будет переобходить, склеивать, проверять.