Создаю через pyinstaller .exe-шник в одном файле (то есть --onefile).
Потом беру через pyinstxtractor.py декомпилирую .ехе, и получаю набор файлов.
Там можно найти мой исходный скрипт, немного "покалечен", но местами читабелен (пути к серверу и т.п.)
У Pyinstaller'а есть возможность шифровать байткод, но не факт, что это будет 100% надёжно и как оно будет собрано под винду - тоже отдельный вопрос.
Для пущей надежности защиты стоит или перенести важный функционал в сишную либу, как тут уже писали или использовать Cython (что суть есть тоже самое, только сишного кода сгенерится на порядок больше)
https://habrahabr.ru/post/189772/
Если вкратце - шифруем питоновские исходники, пишем дешифратор и надеемся, что никто не догадается его дизассемблировать. Времени потратите уйму, а результат один - если кому то будет надо, он вскроет.
