Как решить ситуацию с доработками?

Сайт n лет выполнял задачу и устраивал заказчика. В чем проблема-то вообще?

Новые требования - новый заказ.

Работают бесплатно только индусы или школьники. Если вы к таким себя относите, тогда вперёд. А если нет выставляйте ценник.

Не путайте: мог бы сделать все сразу
и должен был сделать все сразу.

Хороший случай заработать бабло подвернулся - систему же вы знаете лучше кого либо.
Я бы не стеснялся в цене.

То что вы снесняетесь и считаете что все это обязаны делать бесплатно, то:

процесс совершенствования вечен в принципе. Развивать сайт можно бесконечно.
и чтобы делать все бесплатно (то есть давать вечную гарантию) нужно брать за свою работу очень много.

Как правило для большинства заказчиков вечная гарантия неподъемна по цене.
Им проще доплатить за доработки отдельно.

Так годами можно жить,
я вот сайт уже более 10 лет допиливаю за отдельные деньги.

Ну а лучше всего сразу оговаривать - тут делаю, тут не включено в стоимость.
Это обязательно, ведь заказчик не спец,
и если вы его уважаете, то нюансы что входит, а что нужно/можно еще и будет стоить отдельно - должны рассказать заранее.

делать все за деньги , ваши же заказчики не работают бесплатно, почему они ожидают что другие будут?

Надо было писать ТЗ. Сам недавно попал в такую же ситуацию, обговорили, что должен представлять из себя сайт, но никакого ТЗ с объёмом работ и чётко оговоренным функционалом не было. Сайт сделал, всё вроде хорошо, всем нравится, но когда заказчик нашёл кого-то для раскрутки сайта, внезапно появилась куча пунктов, без которых типа нельзя раскрутить сайт, начиная meta keywords и заканчивая конструктором, который позволяет посмотреть товар в интерьере. В итоге сделал, то, что не сложно и действительно может помочь раскрутке, а остальное объяснил, почему делать не буду. В итоге потратил ~1 рабочий день на это всё, но сделал для себя ценный вывод, что надо, сука, делать ТЗ.