Как решить конфликт Sass/sourcemapce в git?

удалить sourcemaps не вариант

Как раз-таки вариант )
Автокомпилируемые файлы не добавляют в репу обычно. Всё, что генерирует вам gulp по феншую должно быть в игноре. А в репе только исходники.

Сергей: sourcemaps находится в головном css файле для того чтобы я в браузере видел в каком sass файле находится css . Как я буду это видеть после удаления?

Andrew Chil: Я говорю о том же, о чем сказал Евгений Вольф - эти файлы обычно не хранят в репе, их генерит система деплоя из исходников перед выкаткой в продакшн.

Сергей: система деплоя - что здесь имеется в виду?
сам проект на магенто, бэкенд / фронтенд делается параллельно, каждый день что-то заливается на продакшн чтобы показать клиенту. Как в таком случае быть?

система деплоя - что здесь имеется в виду?

Здесь имеется в виду такие вещи например как "система сборки проектов". Это если очень коротко и "по простому". Если ещё проще и конкретнее, а так же касательно вопроса

Как в таком случае быть?

вариантов тут основных два:
1. Перед тем как заливать что-то на продакшен, мы запускаем gulp или другой механизм, который генерирует нам s.map, css и пр. канитель, потом заливаем
2. Что бы не воспроизводить п.1 руками постоянно, мы добавляем либо в каком-то из репозиториев (в каком именно сложно сказать, т.к. не совсем понятна структура Вашей работы, но в общей сложности, это должен быть репозиторий с которого делается выгрузка в продакшен, а если таких репозиториев несколько - то в каждый из них) хук, который будет запускать описанное в п.1 в автоматическом режиме.

Andrew Chil: Система деплоя это то, что будет собирать и заливать ваш код на боевой сервер.
Это может быть

1. Специализированный программный комплекс (jenkins, capictrano и т.д.). Годится для серьезных больших долгоиграющих проектов
   
2. Небольшой скрипт, запускаемый по гит-хуку, который тащит свежие сорцы из репы, запускает gulp-задачи на сборку и заливает билд на сервер
   
3. Специально натасканный HomoSapiens =) Который все делает вручную - собирает, заливает по (s)ftp
   

Всем спасибо за помощь!)