Фразы для главной страницы?

ну. если ты хочешь, чтобы на главную заходили и по этим сч запросам, то ставь. если нет, то нет.
посмотри в выдаче, где стоят эти запросы у конкурентов. много ли в выдаче главных по этим запросам, как они продвигают. и т. д.
ну и на частотность кластеров смотри. если эти сч, нч имеют большую емкость, лучше пилить отдельную страницу. но тут опять же нужно выдачу смотреть. в отрыве от конкретной ситуации, действия могут быть самыми разными.

главная страница должна в себе содержать ВЧ запросы и можно ли ещё использовать СЧ, вместе с ВЧ запросами?

Можно, главное без переспама. Пишите текст для людей, а не для ботов.

Просто главная страница лидирующая и как понимаю, для неё нужно конкурентные запросы, а под разделы уже идёт СЧ и НЧ?

Все зависит от структуры сайта и организации информации. В первую очередь продумайте структуру удобную и понятную для людей. Когда вы поймете какой контент будет лучше разместить на вашей главной, то легко сможете выделить ключи которые лаконично впишутся в этот контент. Почитайте на хабре 14 действенных советов по контент-маркетингу и поищите статьи по теме контент-маркетинга, для лучшего понимания темы.