Что выбрать сервер или обычный системный блок?

Покупайте ДВА системника, стройте резервирование на софтверном уровне. Win2016 вроде как умеет уже storage spaces direct без общего хранилища строить. Ну и остальные сервисы задублировать.

Только интернет раздавать с контроллера домена -- это адски плохая идея. Купите пару старых системников (уровня Core Duo и 1 гиг оперативы будет более чем достаточно), поставьте туда FreeBSD/Linux, и пусть они занимаются раздачей интернетов.

P/S/: Да, и дисков нужно ставить два, и собирать их в RAID1-массив.

Поддержу ralaton121 в вопросе о лицензиях. Не знаю, как с этим в KZ, правда, а в России можно уже круто подсесть. И некоторые подсаживаются, хотя всем остальным как всегда - как клали болт на Билли, так и кладут посейчас.

И хотя будем считать, что на лицензии кладем болт, все же надо постараться не закладываться на платные Kerio (около 20 тыс рублей - как минимум треть бюджета :D)

Взять стандартный системник, не сервер - и можно немного на проце сэкономить - потом скажу для чего. Поднять бесплатную VmWare (для одиночного хоста она бесплатная) и запустить на ней две виртуалки - винду для AD/файлопомойки и линух для веба. А в качестве маршрутизатора поставить специализированную железку типа микротика - она будет существенно дешевле Kerio :) Если необходимо будет авторизовывать по логинам (а аппетит как известно приходит во время еды) - на машину с линухом ставится прокси. 16 гиг конечно минимум, на котором эта конструкция взлетит, но работать будет

Небольшую конторку, существенно меньше по количеству юзеров у меня так тянет древний G850 с 16 гигами на самой обычной десктопной матери (плюс пара отладочных рабочих станций) + инет на микротике RB450G

(Еслиф че - стоимость лицензий на Win2016 Server + 100 юзерских кроет Ваш бюджет как бык овцу :) Win2016 Server - 50 тыс. руб, один пользователь AD - 2 тыс. - это если по чеснаку :) )

однозначно ксенон с ядрами насколько хватит. оптимально от супермикро.

В такой бюджет лицензия на сервер-то не влезает, а тут железо. А если домен, то сразу надо серверную ОС. Но если 56к только на железо, а лицензии есть или на них забили болт, лучше два системника, на них hyperv или паленый vmware, в них нарезаем инфраструктуру. Главное в этом случае - чтобы памяти хватило. У нас, кстати, два corei7 с 32ГБ мозгов каждый работают уже 4 года, кажется, даже без отказов (в логах не видел), там и AD и файлы и сайты на PHP. И вроде бы оба стоят в сумме меньше заявленных 56к.

Касательно железа, я бы посоветовал взять что-то из брендовых тауеров и добавить туда оперативки со временем. Обычный системник тоже хорошо, но живучесть железа существенно ниже при 24/7 работе.

Теперь по софту, используйте ESXi на железе, а в нем уже создавайте виртуальные машини. Там и роутер можно поднять (например на RouterOS или fSense и даже Kerio) и домен и все будет как отдельные сервера.
Если заинтересовала бесплатная замена ActiveDirectory, как выше советовали, посмотрите в сторону ClearOS, там и AD и почта и файловые шары. Но учтите, если эта связка (имею ввиду ActiveDirectory на Linux) - развалится, восстанавливать будет очень сложно.