Какую программу использовать для загрузки файлов на сервер при их изменении?

... не работает с FTP напрямую без плясок с бубном эмуляции папки в Windows.

Михаил: да, эта программа работает через bittorent протокол.

Я так понял она должна ставиться в обе системы? Мне необходимо, чтобы приложение стояло на Windows и по протоколу SFTP передавала новое данные заменяя на удаленном сервере.

sorax1: да, должна быть установлена на всех системах, участвующих в обмене данными.
Syncthing наверно не подойдет вам, поскольку вам нужна более простая синхронизация. Syncthing подойдет там, где надо поддержать синхронизацию между несколькими машинами. Например 3 машины, каждая из которых создает свои данные, но эти данные должны быть раскинуты на все 3 машины.

Смотрите в сторону WinSCP https://winscp.net/eng/docs/scriptcommand_keepuptodate