Как nginx смотрит на бекенд сервер (puma, passenger)?

Конкретный инстанс пумы запускается и создает где-то сок файл, этот файл нужен для коммуникации.
Теперь nginx перенаправляет запрос от себя, если он подходит под все заданные условия в конфиге, к конкретному запущенному инстансу пумы.

Приложений может быть много на сервере. Чтобы знать к какому именно приложению нужно направить дальше и используют сок файлы.

Это обычное поведение, которое нужно освоить и запомнить: не только пума и пассажир используют этот метод