Как анализировать работу разработчиков в Hubstaff?

Никакая. Разработчик же не грузчик. Большую часть своего рабочего времени я думаю, а не код пишу. В этом момент активность может быть на нуле.
Оценивать активность в отрыве от результата - занятие бессмысленное.

Никакая
Есть подозрение, что работу кто-то может сделать быстрее + качественне?
Находите замену и платите ей

Это зависит от задачи, от разработчика, от технологий.
Например джун по новой для него задаче с незнакомой технологией очевидно будет много гуглить и читать - значит активность будет ниже.
Если задача требует в основном кодирования и сотрудник может не гуглить, то активность будет выше.

Оценить всё это может человек, знакомый с задачей, уровнем сотрудника и имеющий аналогичный опыт работы с такими трекерами, т.е. представляющий из опыта какая задача/сотрудник должны показывать какую активность.
Мы много с такими трекерами работаем, поэтому своих сотрудников можем оценить.

Можно наговнокодить без гугла и следствия, с лозунгом "да и так сойдет", а можно с умом(гуглом) разобраться в задаче, найти более верное/подходящее решение.

В первом варианте - Активность высокая
Во втором варианте - ниже чем в первом
Третий вариант - ВЫ не разбираетесь и не понимаете что делают ваши сотрудники, возможно просто ни чего.

И про активность в 60%. Попробуйте в офисе отработать 8 часов с активностью больше чем 60%.

Не знаю на сколько актуален ответ для данного холивара, отработал пол года по хабстаффу и вот какая метода по моему мнению хороша.
Оцениваем задачу, скажем 8 часов, согласовываем.
Прогер начинает делать, справился за 4 часа и сдал задачу молодец, получи за 8 т.к изначально оговаривали эту сумму, не сдал задачу ищем причину, трекер для этого и нужен и не важно какая активность будет показана в статистике (у меня например бывают моменты когда я могу сидеть и думать 20-30 минут, а потом описать алгоритм в 2 строчки, а бывает когда пишу сразу несколько вариантов и подбираю методом тыка. В 1ом случае активность 10-15%, в другом 80-90% по итогу задача сделана одинаково)

Прогер будет доволен зная, я быстро и хорошо сделаю задачи, сделаю за день свободно 2 задачи которые рассчитаны по 8 часов получу ЗП за 2 дн и работодатель в накладе не останется. Ну это я так вижу
Просто пример из жизни, был лютый завал, поставили 2 задачи параллельно на разных проектах, обе на 40 часов рассчитаны, сделал обе потратил на них 48ч в сумме, получил в итоге как за одну задачу, хотя выложился за неделю по полной, обидно

UPD так же и в обратную сторону тоже должно работать.
Если например если задачу расчитанную на 8 часов делал 10, либо объясняешься либо получаешь как за 8
Думаю так будет справедливо