Как лучше организовать построение карт с более 1000 точек?

Разницы между "брать из файла" и "брать и базы" по скорости не будет. Из базы может быть даже будет быстрее.

Но на самом деле вам нужна Редиска.

Редис и какой-то заготовленный xml это лишнее, вот несколько советов:
1. Сделать что-то вроде небольшого api, которое будет возвращать json-массив точек для карты (естественно не все сразу, а с какой-нибудь пагинацией) в ответ на ajax-запрос, и корректно его закешировать.
2. При использовании карты нужно учесть большое кол-во точек (как минимум можно использовать кластеризацию).
3. В яндекс.картах есть специальный менеджер объектов, который поддерживает большое кол-во точек (в одном из проектов я выводил 7000-10000 точек без заметных тормозов на клиенте), в гугл.картах скорее всего тоже есть подобные механизмы.
4. Если точек очень много, то дополнительно можно выводить только те которые попадают в область видимости.

На счет xml - это 100% проигрышное решение, так как xml каждый раз нужно парсить. Xml хорош для передачи данных между системами, особенно когда формат сложный.
Важный момент, на сколько часто меняются данные? От этого будет зависеть, как именно из хранить.
На счет того, как отдавать данные, правильный вариант уже сказали, json порциями.

а чем запрос для взятия 1000 точек отличается от любого другого запроса ?

Использовать БД, которая поддерживает spatial-типы данных (например, PostgresSQL), сделать по ним индексы и подгружать AJAXом только те точки, которые находятся в текущей области видимости.