В чем можно сделать анимацию прототипа сайта?

Adobe Effects
Principle

Сделайте ролик (запись с экрана) для непонятных динамических моментов прототипа.

Adobe Effects или
Marvel
Moqups

Если собираетесь дальше в этой области работать, то приступайте к первому варианту, т.к. возможностей невероятно больше.

Если по быстрому, то Инвижн

Быстрые варианты - Marvel или Invision. Также можно использовать Principle for Mac

АE.. жрёт много оперативки, и лично у меня ещё не получилось нормально вывести gif.. размер исполняемого файла большой

Если вы на винде и нужно показать только скролл, то можно сделать два jpg: сайдбар и макет, залезть в простой онлайн wysiwyg конструктор прототипов и запилить в нём.

P. S. "Кинетический прототип" - классно звучит).

Так, стоп. А сам прототип в чем сделан? Если там уже есть параллаксы и статичные блоки - в чем проблема это показать так, как оно сделано сейчас, без участия третьего инструмента?

Я думаю, решение Вы уже нашли, но всё же напишу)))
Есть в invision такая штука screen as overlay. С её помощью можно создать подобие того, о чём Вы спрашивали. Сама только сегодня додумалась использовать его так. Но этот вариант не идеален. Есть минус, пишу о нём ниже. В общем.
В режиме build mode растягиваете прямоугольник на всю правую область с контентом, в выпадающем меню выбираете всё как на скрине https://prnt.sc/inhtrz (в 3 пункте выбираете отдельно сохраненное изображение сайдбара) и галочку hotspot обязательно (если будет такое меню использоваться ещё на каких-то скринах). Проблема только в том, что менюха поедет, если смотреть на другом разрешении монитора, чем прорисован макет. Смотреть нужно именно размер в размер. Т.е. если рисовалось под 1920, то и смотреть на 1920 мониторе нужно.