Как вы организовали хранение данных к проектам?

по заказчикам все по папкам раскидываете
закончили работу переместили в архив с годом
итого в активной папке ну пяток активных заказчиков.

git ?

Как уже написали стоит использовать системы контроля версий. Например Git. Если нужны бесплатные приватные репозитории, то можно пользоваться gitlab или bitbucket.

Лично я дома использую следующую схему:
На сервере гипервизор esxi. Одна из виртуалок gilab-ce. В другой виртуалке развернул jetbrains youtrack. В проектах youtrack настраиваю синхронизацию с репозиториями из gitlab.
В качестве IDE использую phpStorm, в котором настроена синхронизация задач с youtrack.

Когда проект приходит в работу:
1) Создаю репозиторий в gitlab.
2) Создаю проект в youtrack
3) Настраиваю в youtrack синхронизацию с репозиторием
4) В youtrack нарезаю проект на задачи
5) На рабочей машине создаю проект в phpstorm и настраиваю в нем синхронизацию задач с youtrack.

Дальше при работе над конкретными задачами в phpstorm ставлю выполнение тех или иных задач, через tools->Tasks&context

А теперь для чего все это нужно:
Иногда встречаются повторяющиеся задачи, но тяжело вспомнить в каком проекте они реализовывались. А так в результате всех этих манипуляций, я имею историю работы над всеми проектами в yotrack. Причем сразу видно описание задач, в которых можно отследить какие изменения в код вносились по той или иной задаче. Например вот так это может выглядеть https://yadi.sk/i/WER-B7yB3L5ybN . Теперь почитав описание задачи, можно открыть вкладку VCS и сразу перейти в коду.

а я храню все в папках с названием домена , потом все это захламляется всяким мусором , папками node_modules , psd файлами и rar архивами , затем чтоб что то найти я иду к заказчику и прошу его отправить файл повторно даже не утруждая себя поиском в истории сообщений ссылки на нужный файл. А теперь я иду на тостер и ищу решение вопроса :)))))))))

Точно такой же ответ как и про Битрикс24 можно ответить вставив вместо дорогого "битрикс24" бесплатные Редмайн или вТайгер.
Вообще, если проектов много и они объемные(у меня одна такая работа есть по полиграфии), то выделяете раздел диска с названием "Ворк", туда прямо в корень названия заказчиков, в них названия проектов.
А там в зависимости от воркфлоу. Может быть например "in" "work" "out" "backup". Может быть просто файлы в директории проекта, если их мало.
Там же на диске делаете "ARCHIVE".

Кстати да, большими буквами я называю директории, где внутри есть своя систематизация или много субдиректорий. Чтобы сразу видно было что внутри есть своя система.

Код - bitbucket/git по вкусу
Пароли - google drive
Дизайн, тулзы, документы, тз - dropbox